Les œuvres du mystérieux Maître de la Nativité de Mendrisio sont particulièrement intéressantes : parmi elles, la bannière avec la Madone du Rosaire, pour la célébration du culte de la Vierge (vers 1633) et les deux retables avec S. Apollonia et S. Lucia (1635-1640), caractérisés par un modelé doux et une habile richesse chromatique. Une valeur particulière de la collection, due à l'étroite relation entre le Musée et le territoire, est également le fonds qui comprend les œuvres des peintres Francesco et Francesco Innocenzo Torriani de Mendrisio, père et fils, présents avec une série de tableaux remarquables, dont David avec la tête de Goliath (vers 1670). Le ton à la fois intime et public est l'un des traits distinctifs des ex-voto, qui sont présents en grand nombre dans les collections du Musée.
Il s'agit de petites images qui révèlent la gratitude du peuple envers la Vierge et les saints pour les grâces reçues.