Particolarmente interessanti le opere del misterioso Maestro della Natività di Mendrisio: tra queste lo stendardo con la Madonna del Rosario, per la celebrazione del culto della Vergine (1633 circa) e le due pale con S. Apollonia e S. Lucia (1635-1640), caratterizzate da un modellato morbido e da una sapiente ricchezza cromatica. Di particolare pregio nella collezione, per lo stretto rapporto tra il Museo e il territorio, è inoltre il fondo che include le opere dei pittori Francesco e Francesco Innocenzo Torriani da Mendrisio, padre e figlio, presenti con una serie di dipinti notevoli, tra cui Davide con la testa di Golia (1670 circa). Il tono intimo e al contempo pubblico è invece uno dei tratti distintivi degli ex-voto, presenti in gran numero nelle collezioni del Museo.
Si tratta di immagini di piccole dimensioni che rivelano la riconoscenza del popolo verso la Vergine e i Santi per le grazie ricevute.